[被破壞的守護者塔]

令人震驚的是，率領哈坎艦隊的竟是來自地球、
曾與諾克斯一同結束大戰爭的英雄—塔洛斯。
諾克斯曾多次警告守護者們，
塔洛斯總有一天一定會引發新的大戰爭。
這次他所覬覦的目標，是凝聚了強大以太力量，
也是諾克斯的力量根源的「以太種子」。
在塔洛斯與哈坎軍團的襲擊下，
守護者塔被徹底摧毀，諾克斯也與歸來的塔洛斯正面交鋒。
儘管諾克斯試圖阻止他暴走，但塔洛斯卻無視勸告，率先發動攻擊。
即便是最強的守護者諾克斯，也無法抵擋塔洛斯的強大力量。
最終，諾克斯戰敗，就連以太種子也被奪走。

[伊丹平原]

伊丹平原正遭受哈坎貝拉托爾軍團的猛烈攻擊。
玩家將與原核級守護者杜克及雷伊並肩作戰，
合力擊退來襲的貝拉托爾軍團，並尋找失聯的雅莉亞。
所幸，雅莉亞平安無事，就在眾人準備返回守護者塔之際，
神殿內的石像突然綻放光芒，安置於石像中的以太種子隨之甦醒，並融入玩家體內。
以太種子宣告玩家已被選為「阿瑞斯的守護者」，
據傳聞，「守護者」正是當人類面臨危機時，將以「阿瑞斯」之力拯救世界之人。

[埃利亞平原]

諾克斯原本計畫搶在塔洛斯之前尋回以太種子，並率先奪回月球軌道圈。
然而，一道突如其來的支援請求打亂了所有部署，迫使他全面調整行動方針。
金星上的涅瑞伊德族是一群以高超的以太魔法與魔法工學聞名的種族，且曾是守護者的強大盟友。
但近期艾琳女王突然失去了以太之力，使她在對抗來自地球的哈坎殘黨時陷入苦戰。
守護者與雷伊因此被緊急派往金星，但抵達後，卻與先行一步到達的雷伊失去了聯繫。
隨著艾琳女王失去力量，以及負責指揮王國軍的王子邁歐斯欠缺指揮能力，
掃蕩哈坎殘黨的任務，最終交由埃絲佩菈與守護者主導。
在掃蕩的過程中，一個令涅瑞伊德族長期苦戰的幕後黑手終於現身。

[盧納山脈]

幕後黑手竟是邁歐斯王子，他為了奪取王位，
與哈坎暗中勾結，企圖將以太種子獻給塔洛斯來換取權力。
為了奪得種子，他前往聖域深處的古代神殿，守護者則緊隨其後。
神殿內充滿混沌之力，變得極為兇殘的古代女王佩涅忒拉現身，並處決了邁歐斯。
守護者與佩涅忒拉交鋒，並在戰鬥中證明了自己有資格獲得以太種子。
隨後，艾琳女王向守護者講述了古代涅瑞伊德的歷史與悲劇。
故事的起點是古代公主梅迪亞，為了守護涅墨西斯，而被其力量所支配，最終引發毀滅性的戰爭。
最終，涅瑞伊德王國在那場戰爭中戰敗，而佩涅忒拉則為了保護族人及以太種子，自願將自己封印。

[賈里斯遺跡區]

然而，塔洛斯的現身是萊加圖斯軍團長阿基杜斯提前設下的陷阱，
所幸守護者一行人成功化解了危機。
在守護者活躍的行動下，萊加圖斯軍團遭受重創，就連阿基杜斯也敗給了守護者。
為了追蹤梅迪亞人手中疑似持有的以太種子，守護者們踏上了前往奧庫魯斯群島的旅程。

[奧庫魯斯群島]

梅迪亞人在過去與哈坎的戰役中慘敗，並失去了領袖。
為了召喚封印於審判之塔中的埃特菈大祭司，
他們籌劃著一場將羅根族獻祭於「黑暗次元」的儀式。
在這個過程中，長期受梅迪亞人壓迫的羅根與維肯掀起了解放奴隸的叛變，
可惜因為領袖昆塔失蹤，起義最終瓦解。
守護者深入「深淵」，成功救出被囚禁的昆塔，並替他找回遺失的武器。
最終，雖然埃特菈成功脫離封印，卻被守護者擊敗，並被奪走她所持有的以太種子。

[加拉泰亞冰川]

根據諾克斯的說法，海王星是古代銀河文明時期，泰坦文明的發源地，
而他們帶來的「以太種子」，正是新世紀力量的起源。
守護者在協助海王星防衛軍的過程中，
發現伊莫西恩正在大規模收集泰坦靈魂石，
並將其作為機體構造與動力核心的原料使用。
他們甚至透過汙染俘虜的靈魂，製造出混沌能量，
並將其注入泰坦的能量核心中，進行著駭人聽聞的實驗。
守護者與調查團原型機阿爾克爾聯手，追蹤靈魂石的流向，
逐步揭露操縱伊莫西恩的德雷克之陰謀。
德雷克妄圖利用混沌能量，支配最強大的泰坦「阿佩坎」，
然而他的野心最終被守護者挫敗，以太種子也落入守護者之手。
就在阿佩坎似乎對守護者產生某種反應時，
諾克斯向眾人講述了大戰爭時期「超越者」英雄們與「伊娃」的故事。
當時，海王星在友軍的背叛下慘遭轟炸，伊娃與泰坦們失去了核心，進入長久沉眠。
而阿佩坎則守護著以太種子，靜靜等待真正的繼承者出現。

[莫爾蘭特]

守護者依諾克斯之命被派遣至火星的莫爾蘭特地區，
但抵達當地後，與蘿希娜的通訊卻突然中斷。
為了尋找蘿希娜與灰燼山地區的倖存友軍，杜克主動聯繫守護者，請求共同行動。
守護者在崩壞的司令基地中遇見蘭蒂少校，
協力救出殘存的防衛軍兵力，並將他們撤離至灰燼山。
隨後，杜克率領兵力對灰燼山發動突襲，
而守護者則潛入百夫長防空要塞，解救被囚禁的蘿希娜。
擊敗邦杜斯後，守護者成功救出蘿希娜，並一同逃出要塞。
蘿希娜將在要塞中取得的情報回報給諾克斯，
揭露出哈坎指揮官卡西亞斯正接近灰燼山，並企圖奪取以太種子。